Bến phà Cần Thơ qua sông Hậu, thường gọi là bắc Cần Thơ, hiện nay là bến phà lớn nhất Nam Bộ. Hiện nay đã ngừng hoạt động do cầu Cần Thơ được khánh thành vào ngày 24/04/2010.
Bến phà Rạch Miễu bắc qua sông Tiền, nối Bến Tre và Mỹ Tho là bến phà khá hiện đại, do có Đan Mạch tài trợ đóng các phà mới, hiện nay không còn hoạt động vì tại đây đã xây dựng xong cầu Rạch Miễu năm 2009. Ngoài ra Bến Tre còn có phà Cổ Chiên.
Bến phà Vàm Cống nối 2 tỉnh Đồng Tháp và An Giang khi cầu Vàm Cống thông xe vào ngày 19/5/2019 bến phà vẫn hoạt động đến ngày 30/6/2019 phà chính thức ngừng họat động.
Bến phà Cao Lãnh qua sông Tiền, nối thành phố Cao Lãnh và huyện Lấp Vò của tỉnh Đồng Tháp, nay phà không còn hoạt động nữa, vì cầu Cao Lãnh đã đưa vào sử dụng và khánh thành vào ngày 27/05/2018.
